Ia berbeda dari orang komunis pada umumnya. Ia necis serta piawai bermain biola dan saksofon. Ia menikmati musik simfoni, menonton teater, dan menulis puisi yang tak melulu "pro-rakyat". Ia menghapus The Old Man and the Sea--film yang diangkat dari novel Ernest Hemingway--dari daftar film Barat yang diharamkan Partai Komunis Indonesia. Ia menghayati Marxisme dan Leninisme, tapi tak menganggap yang "kapitalis" harus selalu dimusuhi.

Njoto adalah sisi lain dari sejarah Gerakan 30 September 1965. Kecuali dari buku-buku Orde Baru yang menyebut semua anggota PKI terlibat G30S, kebanyakan sejarawan tak menemukan keterlibatan Njoto dalam aksi revolusioner itu.

Menjelang prahara 1965 ia tak lagi berada di lingkaran dalam Ketua PKI D.N. Aidit: ia disingkirkan akibat terlalu dekat dengan Sukarno. Keretakan Njoto dan Aidit dipercaya juga disebabkan oleh perselingkuhan Njoto dengan Rita, seorang perempuan Rusia yang disebut-sebut intel KGB.