Pada awalnya, judicial review UU No. 1/PNPS/1965 diajukan ke Mahkamah Konstitusi dengan beberapa tujuan spesifik, diantaranya: 1) Untuk melindungi hak-hak warga negara supaya tidak mudah dikriminalisasi atas dasar keyakinan yang berbeda, interpretasi atas keyakinan keagamaan yang berbeda, dan ekspresi keagamaan yang berbeda. 2) Untuk menghentikan praktik diskriminasi oleh negara terhadap para penganut dan kelompok agama dan keyakinan minoritas yang telah lama berlangsung. 3) Untuk melindungi warga negara dari praktik kekerasan dan persekusi kelompok minoritas agama dan keyakinan. Keseluruhannya dilaksanakan dengan mencobat mencabut alat justifikasi dan legitimasinya yakni UU No. 1/PNPS/1965. Pada perkembangannya pemeriksaan di pengadilan Mahkamah Konstitusi telah menyeret para pihak dan seluruh pihak di luar persidangan pada perdebatan hukum di wilayah yang lebih dasar mengenai bagaimana menempatkan posisi negara dan agama, bagaimana posisi dan peran hukum dan secara khusus hak asasi manusia dalam mengatur relasi keduanya.