Komnas HAM memandang perlu melakukan pengkajian terhadap permasalah HAM di Papua untuk menentukan sejauhmana telah terjadi pelanggaran HAM di provinsi Papua dan sejauhmana keterlibatan aparatur negara atau badan atau kelompok lain dalam pelanggaran hak asasi manusia, termasuk pelanggan HAM yang berat.

Permasalahan HAM yang dikaji dalam laporan ini adalah permasalahan HAM yang terjadi pada periode waktu 1999-2003 (sejak diundangkannya UU Nomor 39 Tahun 1999 tentang HAM.